حسین شریعتمداری در یادداشتی در روزنامه کیهان ضمن انتقاد از عملکرد سید حسن خمینی طمع ضد انقلاب به وی را گوشزد کرد. شریعتمداری نوشت:
خبر تکان دهنده بود و تلخ تر از آن که قابل تصور باشد- بخشی از خبر در ستون اخبار ویژه امروز کیهان آمده است- سایت بالاترین که زیرنظر منوشه امیر، صهیونیست ایرانی الاصل و مدیر شبکه فارسی زبان رادیو اسرائیل اداره می شود و در تمامی طول فتنه اخیر، نقش هماهنگ کننده سایت های وابسته به سران فتنه در انتشار اخبار دروغ، تهمت زنی و توهم پراکنی را برعهده داشته است، با اشاره به حمایت آشکار حجت الاسلام والمسلمین سیدحسن خمینی از فتنه گران و ملاقات های ایشان با عوامل فتنه بعد از آزادی آنها از زندان، خطاب به نوه محترم حضرت امام(ره) می نویسد «تا دیر نشده آغازگر حرکتی باشید که شاید بعداز شما در تاریخ سیاست کثیف ایران ]با پوزش از ساحت مقدس امام راحل(ره)[ نهادینه گردد»! سایت تحت مدیریت منوشه امیر در ادامه، از حجت الاسلام سیدحسن خمینی می خواهد که اعتراض خود را با نقد افکارحضرت امام(ره) و شکستن تقدس آن بزرگوار آغاز کند و خطاب به وی می نویسد «از بزرگ خاندان خودتان شروع کنید و با نقد افکارخمینی، این تابوی دیرینه در ایران را بشکنید»!
سایت صهیونیستی بالاترین بعد از اهانت به ساحت مقدس حضرت امام(ره) و نسبت دادن تهمت های ناروا و همیشگی صهیونیست های سیلی خورده به آن مراد راحل می نویسد «جناب سیدحسن خمینی! نقد پدربزرگ و پدرتان احمد خمینی آسان نیست، اما، اکنون بهترین زمان است، زمان را از دست ندهید و نامتان را در تاریخ ایران جاودانه کنید»!!
به یقین نوه محترم حضرت امام(ره) از جسارت و اهانت این سایت صهیونیستی به ساحت مقدس امام راحل(ره) برمی آشوبد و پیشنهاد صهیونیست ها را مشمئزکننده و نفرت انگیز می داند ولی با عرض پوزش باید گفت؛ پیشنهاد منوشه امیرصهیونیست در همان چارچوبی مطرح شده است که جناب سیدحسن خمینی از آن حمایت کرده اند!
مگر نه این که مطابق اسناد آشکار- و نه پنهان و محرمانه- فتنه اخیر با مدیریت مستقیم آمریکا، اسرائیل و انگلیس به صحنه آمده است و تمامی گروهها و جریانات ضدانقلاب و دشمنان تابلودار حضرت امام(ره) نظیر منافقین، سلطنت طلب ها، بهائیان، مارکسیست ها، کلان سرمایه داران و... مستقیماً در این فتنه حضور داشته اند و مگر نه این که عوامل ستادی و میدانی فتنه، آشکارا به ساحت مقدس حضرت اباعبدالله الحسین(ع) اهانت کرده و بر این اهانت اصرار ورزیده اند، وجود مبارک حضرت صاحب الزمان(عج) را که امام راحل(ره) بی پسوند «روحی لتراب مقدمه الفداء» نام ایشان را بر زبان نمی آوردند، انکار کرده اند، روز قدس به نفع اسرائیل شعار داده اند، روز 16 آذر در حمایت از آمریکا عربده کشیده اند و.... بنابراین وقتی حضرتعالی با وجود اینهمه زشتی و پلیدی فتنه گران به حمایت- هرچند تلویحی و به قول منوشه امیر «بی کلام»- از فتنه و عوامل فتنه برمی خیزید چگونه انتظار دارید که جنابعالی را دست کشیده از حضرت امام(ره) و بیرون از حلقه مقدس و ملکوتی ایشان، بلکه دشمن آن بزرگوار به حق پیوسته تلقی نکنند؟! در این حالت و با این مواضع بسیار بدیهی است که از شما بخواهند پرده ها را کنار بزنید!! و آشکارا به نفی امام راحل(ره) و افکار بلند و الهی ایشان بپردازید!
برادر گرامی، جناب آقای سیدحسن خمینی، رابطه نسبی حضرتعالی با امام راحل(ره) اگرچه قابل احترام است و مردم امام دوست نیز آن را پاس داشته اند ولی این رابطه در صورتی که با رابطه معنوی و پیروی از آن بزرگوار همراه نباشد نه فقط قابل احترام نیست که موجب ملامت و سرزنش نیز خواهد بود. حضرتعالی یک روحانی درس دین خوانده اید و به یقین می دانید که «ان اولی الناس بابراهیم، للذین اتبعوه... نزدیکترین افراد به حضرت ابراهیم علیه السلام، کسانی هستند که از ایشان پیروی می کنند».
و بالاخره می دانیم که پیشنهاد سایت صهیونیستی بالاترین- سایت مادر فتنه سبز- برای حضرتعالی نفرت انگیز است ولی باید به خاطر داشته باشید که وقتی در این بستر اولین گام را می نهید، از شما انتظار پیمودن گام های بعدی را دارند و به قول خدای سبحان خطاب به پیامبر اعظم(ص) که اسوه ای راه گشا برای همه مسلمانان است؛
«ای پیامبر، هرگز یهود و نصاری از تو راضی نخواهند شد، مگر آن که(به طور کامل تسلیم آنها شوی) و از آئین تحریف شده آنان پیروی کنی» سوره بقره، آیه 120